Habilitar Netbios por internet es prácticamente un sucidio..
Yo te recomendaría hacer una VPN sobre EAP (con certificados) abriendo el puerto 1723 en el equipo que haga de servidor (solo para tu IP si es posible).
Una vez establecido el tunel, los equipos se verán como si estubieran en una LAN, y podrás habilitar Netbios dentro del tunel cifrado
.
Un saludo