Amigo Debes tener en cuenta que el robot de coogle (googleboot) pasa cada dos o tres días por tu página. Y de esta forma lo hace en las miles y miles de páginas que hay publicadas. Si encuentra un site en donde aparecen mas palabras claves que en el site tuyo este último se pondrá arriba tuyo.
Lo dificil es cuando la temática de tu site es muy popular, es que existe mucha competencia..
En cuando a los links que no te figuran no te preocupes es totalmente normal..si quieres saber quien te linkea lo mejor es que consigas un soft de estadisticas de sitio. O puedes probar con herramientas de este tipo:
Saber quien Vincula tu Web
http://www.links-reciprocos.com/
Googel Ranking - Posicion Numerica en Google con Keyboard y Url
http://googlerankings.com/index.php
Analizador de Porcentajes Keyboard
http://keyworddensity.com/
No te vuelvas loco siguiendo a google, trata de brindar los mejores contenidos y recursos en tu site. No pierdas tiempo desmedido en posicionamiento..mas bien trabaja en tu web..ponle Garra..
Cordiales Saludos!!!
SUERTE..