Hola gymanual:
No sé si es lo correcto, pero te voy a decir la forma que yo aplico al uso de scripts:
Los únicos scripts que deben ponerse en el body son los que tienen instrucciones: document.write() / document.writeln(), y hay que ponerlos en el sitio exacto en donde se quiere escribir código...
El resto se debe poner en la cabecera...
La verdad es que ahora mismo no se me ocurren otras excepciones.
Saludos