eso depende de la version de MySQL que poseas...
de la version 5.0 en adelante soporta subquerys, asi que si tienes una version anterior deberias usar mas bien un left join para hacerlo.
por ejemplo
Código:
SELECT table1.* FROM table1 LEFT JOIN table2 ON table1.id=table2.id WHERE table2.id IS NULL;
Sin embargo si usas 5.0 y te sale un error puede ser algun fallo en la forma del sql... podrias postear aqui el error que te sale o puedes ver esta pagina para ver que error es el que tienes.
http://www.goldenweb.it/manuale_mysq...php#Subqueries
saludos!