Hola Leioa, si haces como te indican no ocurre nada al formatear alguna de las particiones, cuando se te den las opciones de arranque escoges el instalado y no el formateado y funcionara bien, yo llegue a instalar 2 xp en el mosmo pc y sin problemas, recuerda :
1) crea 2 particiones con Fdisk (disco de inicio de win 98 o me)
2) instala el S.O mas viejo en la primera particion que sera "C"
3)instala XP en la otra particion, la propia instalacion te creara un archivo de inicio, despues de esto y en el xp podras escoger con cual arrancar por defecto(primero), lee esto que te podria ayudar
http://www.bajocuerdaforo.com/showthread.php?t=329
Edito: X zarta, puedes pasar archivos de un sistema al otro sin problenas, trata de mantener el mismo tipo de formato para las particiones
Saludos y suerte