Definitivamente tener varias particiones es mejor que una sola.
Hace unos años, cuando todo el contenido de un disco duro cabía en unos pocos CD's, pues podía ser pasable, pero ahora, con toda la información que se maneja, con tanto Gb, lo mejor es tener mínimo 2 particiones.
Una para el S.O., aplicaciones, juegos, etc. y en general todo aquello que haya que reinstalar junto con el SO
En la otra te pones documentos personales, archivos de video, audio, etc. Así, en caso de fallo irreparable del SO, de los que tienes que meter CD de arranque y formatear, no perderás el trabajo de una vida.