Yo tuve que registrar hace poco uno y me pasaba algo similar.
No te puedo decir exactamente como lo resolví porque no me acuerdo pero te digo más o menos dónde estaba el error.
Cuando introduces los datos de registro, hay una casilla de verificación en la parte superior del site que está deshabilitada por defecto. No recuerdo que dice pero deja claro que si está habilitada no registrará DNS.
Es algo muy tonto que me volvió loco. Está ahí y se puede ver, pero pasa muy desapercibido.
Ojalá te sirva de ayuda. Perdona que no sea más específico, pero sólo he comprado un par de estos dominios .com.mx y no me acuerdo de como lo solucioné pero era algo así a como te digo.
