Puede ser que lo tengas mal configurado en el servidor web, si es el apache fijate el httpd.conf
En el mio primero ve los .html y luego el php, si direccionas a una carpeta siempre intenta el index.html, sino el .htm y ahí el php. Si están en carpetas separadas no debería tener problemas, y si lo enlazas con toda la dirección absoluta sería lo mejor:
http://misitio.com/micarpeta/index.html
Saludos