Mira, no se que tanto tocaste en la configuración del phpmyadmin y menos la versión que estas ejecutando.
Mejor hace lo siguiente, baja la ultima versión de
phpmyadmin. No modifiques nada y lo ejecutas. Si tu BD MySQL no tiene clave debería ingresar. OJO, NADA TIENE QUE VER EL USUARIO ROOT DE LINUX CON EL USUARIO ROOT DE MYSQL.
Luego de eso, realizá las configuraciones que te puse arriba pero NO le cambies el tipo de autenticación
config si NO le pusiste clave a la BD MySQL. $cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'config'.
Si ingresas, ya que supongo que lo hiciste la primera ves porque lo escribiste pero NO le cambiaste las claves a root a como te recomende. Todo estaría configurado.
No es una buena práctica dejar al usuario root sin clave pero si así lo queres trabajar, debes de tener tus razones.
He trabajado con phpMyAdmin por varios años en diferentes versiones tanto en wintendo como en Linux sin problemas mayores, es solo de ajuste.