veamos... hace un tiempo hubo un virus que infectaba esa archivo del IIS si no mal recuerdo,
era el código rojo, afectaba a SO W2K, de todos modos verifica que no exista
c:\Inetpub\scripts\root.exe
La otra se puede deber (lo más lógico)a los permisos de protección, quiza lo tienes es alto, te recomiendo que lo pongas en medio que es el valor predeterminado.
Espero haberte ayudado.
Un saludo.