No termino de entenderte anali... ¿qué no se seleccionan o deseleccionan solos con solo hacer click en ellos? ¿qué es exactamente lo que querés hacer?
Recordá que el control web ckeckboxlist se renderiza (se escribe en la página) como muchos controles HTML diferentes, a diferencia de, por ejemplo un <ASP:TextBox> que se renderiza en un simple <input>.