para crear directorios:
http://www.php.net/manual/es/function.mkdir.php
para crear y manipular archivos, incluido directorios:
http://cl2.php.net/manual/es/ref.filesystem.php
obviamente no se pueden crear archivos .doc o .pdf si no conoces el formato interno de dichos documentos (para eso existen otras librerias), pero puedes crear archivos de texto plano.