Buscando encontré el modo. Se puede hacer una imagen usando alguna librería que trabaje con php y luego esa imagen convertirla en un mapa, por ejemplo así:
<IMG SRC="../imagen.jpg" ALT="" border=0 USEMAP="#Mapa">
<MAP NAME="Mapa">
<Area SHAPE="rect" COORDS="175,82,212,102" HREF="mostrar.php?nodo=1" />
<Area SHAPE="rect" COORDS="120,13,157,33" HREF="mostrar.php?nodo=2" />
<Area SHAPE="rect" COORDS="65,6,102,26" HREF="mostrar.php?nodo=3" />
</MAP>
sólo me queda averiguar como crear un arbol y que librería me podría ayudar con ello, y como obtener las coordenadas de cada nodo para escribirlas luego al construir el mapa.
Espero alguna ayuda con eso.
De antemano gracias.