E cambiado el codigo, pero sigue haciendo lo mismo:
Código PHP:
<?php
$arch1 = "prueba.txt";
$arch2 = "destino.txt";
chdir("/rutadelscript/");
$comando = "./script " .$arch1." ".$arch2;
echo getcwd() . "\n";
echo "<br>";
echo $comando;
echo "<br>";
exec($comando);
?>
bichomen