Tal como lo tienes así debería funcionarte
<script language="Javascript">
function popupdatosextra(marca)
{
window.open("popUp.php?marca="+marca,'window');
}
</script>
<table>
<tr onMouseOver="this.style.cursor='hand';"
onClick="javascript
:popupdatosextra('<? echo $registro["marca"] ?>')">
<td><? echo $registro["marca"]; ?></td>
<td><? echo $registro["modelo"]; ?></td>
</tr>
</table>