Primeramente lee los atributos permitidos en un iframe en la siguiente web
http://www.w3schools.com/tags/tag_iframe.asp y verifica que estes cumpliéndolos.
Yo creo que el error se refiere a tus tablas, quizás has olvidado ponerle las medidas a alguna tabla. Verifica que todas estén en pixeles.
Recuerda que siempre debes diseñar todo bajo estándares. Siempre y cuando cumplas con los estándares de HTML o XHTML tu web se verá perfecta en cualquier navegador. Te recomiendo que leas un poquito los tutos de
http://www.w3schools.com y estandarices tu web.
Mozilla y su familia son estrictos con los códigos y los muestran tal como se leen si hacer muchas correcciones. Internet Explorer por su parte acomoda ciertos errores comunes y muestra al usuario lo que "él quiere ver"...
Verifica tus medidas y la organización de tus tablas. Un saludo!