Hola,
Realmente pasar una estructura jerarquica como la que planteas a una estructura tabular (base de datos relacional) da pie a estos problemas. En
http://www.sitepoint.com/article/hie...-data-database dan otra tecnica para almacenar la jerarquia. Simplemente es presdindir del nivel, y crear una serie de consultas que permiten una rapida localizacion de los antecesores del nodo. No habria limite de niveles, la estructura se recorre sencillamente.
Saludos.