Entra aquí:
www.freevbcode.com y luego escribes "Windows registry" y pulsas en "SEARCH".
Allí encontrarás varios ejemplos sobre cómo leer y escribir en el "Windows registry" ¡Debes tener mucho cuidado! ¿OK?
Te recomiendo de esa lista, el ejemplo "Read and Modify the Registry" (RegDemo.zip). Tiene casi todos los casos que quizás puedas necesitar. Luego los adaptas a tus requerimientos.
Respecto a lo de encriptar, puedes usar cualquier método. Uno de los más usados es el MD5.
Antes de escribir la clave ("registry key"), primero la encriptas. Luego, para usarla en modo original, la lees encriptada, luego la desencritas y la tienes.
Una vez que hayas probado, puedes verificar el resultado con el comando "Regedit", que se ejecuta en Botón de inicio=>Ejecutar=>[regedit]=>Aceptar.
Saludos.