partiendo...
antes de desfragmentar algo asegúrate de haberle pasado antes el scandisk, esto es para evitar los tantos problemas que mencionas...
2do, si el defrag del windows te trae problemas, quizás sea porque estás cargando demasiados programas (antivirus, firewalls, etc.) apágalos antes de pasar defrag (sobre todos esos que se cargan a la altura de la hora de la pc)... ahora prueba el defrag.
3ro... si con esto no estás contento aqui te paso algunos enlaces que te pueden ayudar con esto...
http://www.download.com/3120-20-0.ht...search=+Go%21+
Aunque particularmente prefiero el norton disk doctor (pertenece al Nortom System Work)
4to. y final, lei un artículo en una revista que no está comprobado que el defragmentar realmente ayude a mejorar el rendimiento del disco... se hicieron unos estudios usando unos discos duros antes y despues del defrag, los cambios de velocidad de lectura y escritura eran practicamente los mismos.
Saludos