Asi es, como comenta goncafa, se puede tener EJB, Servlets, JSP, javabeans, taglibs, DAOs, en conjunto dentro de una aplicacion java, mejor dicho la mayoría de aplicaciones J2EE combinan todos estos elementos para tener un mejor MVC. La seguridad en la comunicación entre estos componentes no es un problema.
Ahora, puedes tener varios EJBs, y entre ellos también se pueden comunicar, pero efectivamente como menciona Machine80, por defecto la comunicación es RMI, y es mas lenta que una comunicación normal, por lo tanto trata en lo posible de utilizar si se puede EJB con interfaces locales y no remotas, para que así no utilizen RMI.
Más info sobre interfaces locales en EJB en:
http://www.j2ee.ua.es/j2ee/2003-2004...01-apuntes.htm http://espanol.aurumsol.com/articulos/art6/art6-5.html http://www.programacion.com/java/tut...aplic_jboss/8/