Te recomiendo que mires el Tutorial de Spywares y sigas los pasos de una buena eliminación para estar seguro de que dejaste tus sistema 100% limpio.
Con el tema de los posibles cambios en el registro que muestra SpyBot tenes una casilla que dice "Recordad Decisión" si marcas ahi y pulsas en Denegar los cambios y a no te va a volver a preguntar cuando ese cambio se quiera realizar.
Aca te dejo un Manual en Español para SpyBot S&D
http://www.infospyware.com/Manual%20de%20SpyBot.htm
Salu2
El Piedra