En flash. Los applet para su ejecución dependen de la maquina virtual de java y no todos los usuarios la tienen instalada. Aparte hay dos versiones de JVM , la de Microsoft y la de Sun, y no son compatibles al 100% así que habrá gente que teniendo instalada una versión en concreto no podrán ver el applet. Sin embargo flash descarga un plugin si no se tiene flash instalado o es una versión antigua de forma muy discreta y rápida.
Los applet además consumen muchísimos recursos y en un ordenador poco potente te va a dejar colgado el navegador.
Para lo que tu quieres es mucho más indicado utilizar flash. Yo solamente usaría applets ocultos para abrir sockets y poco tiene eso que ver con el diseño.
Espero haberte ayudado en tu decisión