Hola Javier
Tal como le decia a Caricatos, no es problema de codigo ya que me pasa con todos los popus, no solo con los que programe yo (y la diferencia es de mas de 2 o 3 pixeles)
En el primer post puse esta url
http://mmug.cl/tercer/20040926133918.jpg donde subi un pantallazo de las diferencias entre ambos navegadores segun el tamaño del popup. amentablemente sigo sin encontrar alguna explicacion pues solo me pasa a mi
Reinstalo firefox pero no se soluciona.