Hola frijolerou.
He hecho una prueba con este código:
window.open('http://www.forosdelweb.com','','width=200,height=100')
y la diferencia entre IE 6.0 y Firefox 0.9 es solo de 2 ó 3 pixels ¿tienes colgada la página en algún sitio donde podamos vela funcionando?
Saludos,
