El SSI (Server Side Include: tus .shtml) no tiene nada que ver con PHP .. al igual que Perl tampoco tiene nada que ver con PHP, pero . .ambos podrían hacer llamadas a un "archivo" del servidor por SSI.
Necesitas instalar soporte SSI en tu servidor HTTP (Apache).. No comentas que S.O. usas en tu servidor ni que versión exacta de Apache ... De todas formas puedes ir viendo:
http://httpd.apache.org/docs-2.0/howto/ssi.html
Un saludo,