Hola,
Asi de los principales, yahoo! directorio es gratis en algunas categorias. Y en dmoz y yahoo hay una categoria para directorios, ahi encontraras alguno. Tambien puedes usar los buscadores para encontrar cadenas tipicas de un directorio ("Add URL", "Submit URL", "Añadir URL", "Enviar URL", ...). Y en los foros sobre posicionamiento se suele poner listados de directorios. Por ejemplo,
http://xeoweb.bitacoras.com ,
http://www.xeoweb.com/foro/ ,
http://www.forobuscadores.com/foros/ , ...
Y otra forma de conseguir enlaces "casi" gratis, es el intercambio de links. En los foros anteriores y en el foro de Proyectos e ideas de aqui mismo siempre hay gente que "ofrece" este tipo de intercambios.
Saludos.