Hola,
Dentro de tu cuenta de 2checkout tienes que selecionar la opcion de account details > custom.
Dentro de custom encuetras 2 campos que dicen:
Custom Payment Screen Header URL
y
Custom Payment Screen Footer URL
En esos campos ingresas la direccion de tu header o footer, algo asi como
http://tudominio.com/header.html
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En mi caso ralize 2 paginas html con nombre header y fooder y en cada una de ellas inicio con:
<body>
Saludos......