tenes que usar la extension gd del php, que te permite manipular imagenes gif, jpeg y png. fijate con un phpinfo(); si la tenes instalada y lo mas importante, si tenes soporte para imagenes GIF, porque lo sacaron en algunas versiones de la gd que trae el php, si tenes esta extension tenes que hacer algo tipo
<pre>
$orig = ImageCreateFromJPEG($archivo);
$origH = imagesy($orig);
$origW = imagesx($orig);
$nueva = ImageCreate($tamW,$tamH);
ImageCopyResized($nueva,$orig,0,0,0,0,$tamW,$tamH, $origW,$origH);
ImageJPEG($nueva,$archivoDeSalida);
</pre>
basicamente tendrias que meter ese codigo en un while que recorra todos los archivos en cuestion, fijate que en $tamW y $tamH estan el alto (Height) y el ancho (Width) de la imagen a crear (100 y 200 en tu caso), t en $archivo y $archivoDeSalida estan, evidentemente, los nombres del archivo con la imagen original ($archivo) y el de la imagen de salida ($archivoDeSalida) o thumbnail, para leer y escribir use ImageCreateFromJPEG e ImageJPEG porque jpeg es el formato mas standard entre las versiones de GD, pero fijate que podes usar Image...GIF o Image...PNG, segun la version que tengas.
A ImageJPEG le podes pasar un tercer parametro que es el de la calidad de la compresion, va de 0 a 100 y si el valor es menor la imagen pesa menos pero tiene mala calidad, si es mayor pesa mas pero se ve mejor.