Puedes utilizar expresiones regulares
Código PHP:
$nuevo_texto = eregi_replace('<div id="algo" class="otra">(.*)</div>','<div id="algo" class="otra"> </div>',$texto);
Si lo que quieres es eliminar todas las etiquetas <div> y todo su contenido:
Código PHP:
$nuevo_texto = eregi_replace('<div (.*)</div>','',$texto);
Saludos