Si se puede iniciar windows desde ms-dos, para ello sólo debes entrar en el directorio de windows y ejecutar "win". Pero no creo que sirva de nada, ya que el fallo puede ser del mismo windows y no creo que arrancase.
Si ya probaste como esclavo el HD y no te funcionó, entonces puede que esté dañado físicamente, pero no creo pues parece que te funciona con ms-dos. A no ser que lo pusieses mal (los puentes deben estar colocados como marca el fabricante según se vaya a usar master o slave).
Mi sugerencia es que reinstales windows y luego me comentas.
ciao.
