Lo más provable es que no tengas bien las direcciones en esos links.
Recuerda que no es lo mismo la dirección absoluta de un archivo en un PC (desde la raíz c:\...) , que la dirección relativa desde tu archivo index.htm.
Deberías usar siempre direcciones relativas y utilizar la misma lista de direcctorios en tu Pc y en tu web site.
Espero que te sirva de algo todo este rollo que acabo sde soltar.
