Hola!!!, a mi los frames nunca me han gustado... yo en tu lugar trabajaría con webs modulares para evitar ese tipo de cosas.
Tuve ese problema hace ya casi 4 años, en esta web
http://www.graubassas.com
veras como esta dividida en dos frames y el de arriba tiene el menu horizontal que tuve que ajustar manualmente para que no se ocultara debajo del frame principal.
SALUDOS