No hay que cambiar nada en el IE, en todo caso será algun problema de navegación de ese usuario que le impide ver tu pagina por algún motivo (quizá un firewall...). Pues el mod_rewrite trabaja a nivel del servidor, no en el navegador. Tu en el navegador introduces
www.misitio.com/seccion1.html y es el servidor el que te manda los contenidos de
www.misitio.com/index.php?cat=seccion1 pero no el navegador.
De todas formas para probar dile a ese usuario que pruebe a entrar con otro navegador, por ejemplo con Mozilla Firefox.
Saludos
