Buscando, buscando he llegado a una posible solución. Curiosamente es un mensaje en el que había participado antes
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http://www.forosdelweb.com/f13/como-ejecutar-calculadora-windows-desde-evento-boton-138409/
Es una ActiveX desde VBScript. Como el archivo que quiero abrir está en el local y sé qué es, no hay problema en aceptar la confirmación de seguridad.
De todas formas, sigo pensando que puede que haya una posibilidad para relizar esto desde IIS.
Un saludo.