Para lo que pretendes ... de los mejores para mi gusto (para Mysql):
Navicat
http://www.navicat.com
EMS Mysql Manager
www.mysqlmanager.com
Si usas tablas tipo innoDB te mostraran las relaciones entre tus tablas .. Con tablas tipo MyISAM (las comunes y por defecto de Mysql) puedes hacer consultas SQL relacionadas "visualmente" estableciendo las relaciones entre las tablas y los campos que uses como (psudo)"clave foránea" a mano pero a golpe de ratón y .. de ahí ejecutar tu consulta .. ver el resultado y por supuesto .. ver el SQL generado (a base de "JOIN's") ..
Las últimas versiones de estos son compatibles con Mysql 4.1.x (que todavía está en fase alpha o Beta ...) donde soportan cosas como store procedures que se son soportados para la versión 4.1.x de Mysql ...
Un saludo,