Hola,
Cuando dices que desinstalastes las aplicaciones de ese fatídico día, ¿las quitastes tu o lo hizo algún programa anti ad-ware?
Yo me reitero en lo que dice emilcg: pásale un anti ad-ware si no lo has hecho ya, porque los antivirus no necesariamente son anti ad-ware.
Al reinstalar el IE desde windows.com ¿lo reinstalaste sólamente o lo desinstalastes y lo volvistes a instalar?
Y antes de andar tocando dentro del PC (sobre todo si no tienes mucha idea) usa un test de memoria, como
http://www.memtest86.com . Y si te decides a tocar por dentro recuerda siempre descargarte de estática antes, tocando en algo con toma de tierra.