Hmmm, a ver si entendi:
Copiaste archivos a un disco con 2 particiones, un bloque de archivos a una particion, luego de esos archivos copiaste una parte a la otra particion.
Todo resulto bien, al momento en que reinicias es que ya no funciono la maquina. Cierto?
Si es el caso es probable que el disco haya intentado hacceder a sectores dañados.
Puedes probar pasando HDD Regenerator, o bien recreando la particion (pero perdiendo los datos).
Hay un tema similar en
http://www.forosdelweb.com/f11/disco-duro-sin-formato-230627/, dale seguimiento y quiza te de ideas de que hacer