Hola
Tal como estas haciendo el php no es parseado/interpretado, ya que la incluyes desde un tag html.
deverias hacer lo siguiente.
Código PHP:
///// style_css.php /////
<?php
header("Content-Type: text/css");
$browser = $_SERVER['HTTP_USER_AGENT'];
if (stristr($browser, "MSIE") || stristr($browser, "Internet Explorer"))
{
// browser is Internet Explorer
?>
#encabeza,#menu
{
display:none;
}
<?
}
?>
/// pagina php deonde se incluye//
<style><?php #include('style_css.php'); ?></style>
etc
.
.
.
Asi el php de tu oje de estilos es interpretado.
Espero que te sirva.