Hola,
PHP genera el codigo javascript, asi que es solo cuestion de usar un contador para sacar el numero:
Código PHP:
<?
$cont=0;
while ($noticia= mysql_fetch_array($result)){
?>
var i<?php echo $cont; ?>= "<a class='link_noticias' href='noticia1.htm' target='_top'><?echo $noticia["titulo"];?></a>";
<?
$cont++;
}
?>
Saludos.