Puedes intentar algo, lo primero es que uses el
Virtualdubmod y no el virtualdub.
Lo que haces es abrir el archivo y dejar que reconstruya. Luego te vas al menú video y marcas Direct Stream Copy. Después en el mismo menú Video le das a Scan video stream for errors, eso buscará errores y si los hay te lo dirá cuando termine. Si hay errores, usa la opción Mask bad frames para arreglarlos. Y finalmente en File -> Save as... lo guardas como AVI, pero elige un nombre distinto para no sobreescribir el original.
Suerte