Hola
Bueno, en efecto la clave está en lo que han dicho, el embed desapareció por ser específico de netscape.
Para poedr validar hay que usar el object.
Aquí dejo el código que yo utilizo y mis páginas son xhtml 1.1 (válidas, evidentemente)
Código:
<object type="application/x-shockwave-flash" data="menu.swf" width="175" height="375">
<param name="movie" value="menu.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="loop" value="false" />
<param name="autostart" value="false" />
</object>
Felicidad