Has pasado los tests de "salud" del disco? Tardan un buen rato, pero quiza te ayuden un a salir de dudas.
Otra prueba sería usar
www.memtest.org o
www.memtest86.com apara descartar un fallo en la RAM, algunos SOs fallan y otros parecen no detectar el error, lo que pudiera explicar el por que ME trabaja bien.