La verdad no se como llamarlo

[claray]

Sin verlo, imagino que esta construido sobre layers (DIVs), al menos de esa manera he hecho cosas similares. De ser asi, la posición la ajustas mediante las propiedades de los estilos (top y left), mediante las que indicas en donde quieres que aparezca el cuadro.

Como lo que quieres es que se mueva con el desplazamiento de la barra del scroll, pues lo "amarras" a la posición de este:

midiv.style.top = document.body.scrollTop;

con ello el borde superior del DIV estar en el borde superior visible de la ventana.

Saludos.