Algo he encontrado pero se trata de comandos de uniX que por tanto se tendria que usar exec.
http://www.die.net/doc/linux/man/man1/pdftotext.1.html
he buscado en el google : pdftotext php / pdf2text php / extract text of pdf php
En la revista php|architect de mayo, havia una articulo de como modificar pdf.
Ahora he encontrado un trozo de codigo transforma un pdf en un string, veremos a ver si funciona.