El problema que tienes es con incompatibilidad de perfiles ICC en ambos programas. Normalmente la paquetería de Adobe CS (y desde antes) lo maneja bien: los colores en Illustrator se visualisan igual en Photoshop o en InDesing.
Este es un proceso un poco complicadín, ya que tienes que perfilar monitor, dispositivos de entrada (cámaras, escaners, etc.) y dispositivos de salida (impresoras lasser a color, impresoras InkJet e ínclusive filmadora de negativos).
Te sugiero que bajes una librería de pantone
aquí , esto quizá te ayude.