Pues solo para darle una linea de investigación, checa si estas aplicaciones te sirven:
http://www.serverobjects.com/products.htm#free, específicamente
ASPEXEC (para ejecutar el programa en el servidor, encapsula métodos del WSH) y
WaitFor 1.0 para que se espere hasta que termine (aunque WSH, tiene esa capacidad, según he leido).
Saludos