Hola
Mira este tema y te ayudará a resolver lo de los directorios. Ahí explico lo contrario, o sea de un directorio "protegido" pasarlo a "lista de archivos", tú solo haz lo contrario:
http://www.forosdelweb.com/f58/habilitar-opcion-explorar-directorios-226561/
En cuanto al límite del tamaño del fichero, que yo sepa lo cambias en el php.ini, no se si se podrá en el apache...
Suerte