rpm -U

[living]

Muchas gracias ociomax, al final lo actualicé así:

rpm -Uvh --nodeps MySQL-server-4.0.20-0.i386.rpm
rpm -Uvh MySQL-shared-compat-4.0.20-0.i386.rpm
rpm -Uvh MySQL-client-4.0.20-0.i386.rpm

Aunque me dio un buen susto al principio porque no conseguí arrancarlo de nuevo. No podría decirte como lo conseguí porque me daba un "Can't connect to local MySQL server through socket '/var/lib/mysql/mysql.sock' " e intenté un montón de soluciones que daban por ahí. Creo que lo logré haciendo un kill -9 de 4 procesos mysqld que había y arrancandolo de nuevo.

Está puesta la Redhat 7.2 porque es la que tiene instalada el servidor privado por defecto y dudo mucho que se pudiera actualizar, todo sería cuestión de preguntarlo. De todas maneras ya está todo en producción y por ahora no me gustaría meterme en actualizaciones a ese nivel.