clear se usa cuando quieres restablecer el "flujo" antes o después de los eleementos de tipo bloque posicionados como cajas flotantes (float). Se usa mucho en un tipo de diseño que se dice "liquido".
En cuanto a anidar divs comparado a anidar tablas, compare el codigo :
<table>
<tr>
<td>
<table>
<tr>
<td>caja 1</td><td>caja 2</td>
</tr>
</table>
</td>
</tr>
</table>
con divs:
<div id="contenedor">
<div>Caja 1</div>
<div>Caja 2</div>
</div>
Claramente, los divs necsitan menos html lo que significa para google que:
1 la tasa contenido real/codigo es mejor
2 encuentra mas facilmente tu informacion