alto de tabla en porcentage

[quinqui]

creo que la tabla debe tener un height=100%, y las primera y tercera fila medidas fijas en pixeles, mientras que la del medio (contenido) nada.

esto te servirá para que el "pie de página" (3ª fila) que estás intentando hacer parecer quede siempre fijo abajo, mientras que el "encabezado" (1ª fila) permanezca arriba y el contenido (2ª fila) fluya libremente en el espacio restante de pantalla.
esto resultará en el caso que el contenido de la segunda fila sea inferior a la dimensión de la ventana (o sea, que no se corra hacia abajo la tercera fila al añadir más contenido del que cabe en pantalla).
pero si ese es tu problema (o sea, que no quieres que el pie desaparezca de pantalla nunca), haz como dijo PatomaS, y agrega un iframe a esta segunda fila, pero sin dejar de lado lo que te dije al principio sobre las medidas de la tabla, para que permanezca la diagramación que querías en el caso de que tengas poco contenido en la 2ª fila.
saludines ;D